擴增反應并不是可以無窮地進行下去的，經(jīng)過一定的循環(huán)周期后需擴增的片段不再按指數(shù)增多而逐漸進入平坡；進入平坡的循環(huán)次數(shù)，取決于起始時存在的模板拷貝數(shù)以及合成的DNA總量。所謂平坡就是批PCR循環(huán)的后期，合成產(chǎn)物達0.3～1pmol時，由于產(chǎn)物的堆積，使原來以指數(shù)增加的速率變成平坦的曲線。 造成PCR進入平坡的原因有：引物和dNTP等消耗完畢、Taq酶失活，這幾中因素在標準反應中均不會出現(xiàn)。

此外，還有幾種可能： 

1．底物過?！　∫駾NA合成量多于反應液中存在的Taq酶，在100μl反應液中含2.5Utaq酶而DNA合成量達1μg（3nmol脫氧核苷酸）時，開始變?yōu)榈孜镞^剩。延長延伸時間或添加Taq酶，可以克服之。但不實用，因每進行下一循環(huán)就要延長延伸時間一倍及多加一倍Taq酶，才能繼續(xù)保持指數(shù)增長。

2．非特異性擴增產(chǎn)物的競爭　　與上述情況密切相關，此時不需要的DNA片段與需要的片段同時競爭聚合酶，要克服這一情況是要提高反應特異性，使不需要片段不能大量積聚。

3．退火時產(chǎn)物的單鏈自己締合　　兩條單鏈的DNA片段在退火時除了與引物締合外，也可以自行締合，這也會阻止產(chǎn)品增多。當產(chǎn)物濃度到達10pmol/100μl時即可發(fā)生此現(xiàn)象，除稀釋外無法克服。

4．變性在高濃度產(chǎn)物條件下，產(chǎn)物解鏈不完全，以及終產(chǎn)物的阻化作用（焦磷酸化，雙鏈DNA）。 　　總而言之，PCR的條件是隨系統(tǒng)的而異的，并無統(tǒng)一的佳條件，先選用通用的條件擴增，然后稍稍改變各參數(shù)，可以達到優(yōu)化，以取得優(yōu)良的特異性和產(chǎn)率。